התאמה של זוגות רצפים 2
שיטות לסינון התאמות אקראיות 2
השוואת רצפים – Dot matrix 5
התאמה מרובת רצפים 6
שיטת סכום הזוגות (SP) 6
שיטת התאמת עמדות 7
חיפוש רצפים במאגרי מידע 9
הבעיה ברצפים ביולוגיים 9
PSI-BLAST 12
PHI-BLAST 12
אנליזה פילוגנטית 12
פילוגנטיקה מולקולרית 12
שיטות לחישוב מרחקים אבולוציוניים ולבניית עצים פילוגנטיים 13
חיזוי מבנה שניוני של RNA 14
שלוש שיטות לחיזוי מבנים שניוניים בRNA 15
אלגוריתם הקיפול של צוקר 16
איתור גנים 17
השוואה למאגרי מידע ניסיוניים 17
גנומיקה השוואתית 17
מציאת מסגרת קריאה פתוחה 17
מציאת אזורי קידוד ע"פ הרכב הקודונים 18
רצפים שאליהם נקשרים אנזימי תעתוק וגורמי תעתוק 18
אינטרונים ואקסונים 18
רצפי סיום תעתוק ופוליאדנילציה 19
חלבונים: סיווג וחיזוי מבנה 20
שלוש גישות חישוביות לחיזוי מבנה תלת מימדי של חלבון 21
אנליזה של Microarrays 23
בדיקת איכות התוצאות וניפוי תוצאות חריגות 24
איתור גנים משמעותיים באמצעות מבחנים סטטיסטיים 25
אפיון ביולוגי של התוצאות 26
• רצפים זהים – דרגת דמיון של 100% בין הרצפים.
רצפים שונים (זרים) – דרגת דמיון נמוכה –עד 25%-30% בDNA ועד 5%-10% בחלבונים. רצפים דומים – רמת דמיון בטווח שבין מה שהגדרנו כרצפים זהים למה שהגדרנו כרצפים שונים. סביר להניח שמדובר בחלבונים או ברצפי DNA שיש ביניהם קשר כלשהו מבחינה מבנית ותפקודית.
• רצפים הומולוגים – מוצא שני הרצפים הוא מרצף אבולוציוני משותף. בתוך רצפים הומולוגים מבחינים בין
• רצפים אורתולוגים – רצפים של בע"ח שונים שהתפתחו מרצף אב משותף
• לרצפים פאראלוגיים – רצפים בתוך אותו גנום שהתפתחו כתוצאה מהעתקת גנים.
• יש להבחין בין רצפים דומים לבין רצפים הומולוגים. לשני רצפים יש אב משותף או שאין להם, ולכן הם הומולוגיים או שאינם הומולוגיים, אך בשום מקרה הם אינם יכולים להיות "הומולוגיים ב-70%". לעומת זאת, בין רצפים דומים עשויות להיות דרגות דמיון שונות, והם עשויים להיות "דומים ב70%". בד"כ ניתן להסיק ששני רצפים הם הומולוגים אם קיימת דרגת דימיון גבוהה ביניהם. אז מה ההבדל??
• במטריצת נקודות שמים את שני הרצפים על שני צירים, וכל פעם שאותה אות מופיעה בשני הרצפים שמים נקודה. כך מתקבל רצף מסויים של דמיון בין הרצפים. שיטה זו אינה רגישה במיוחד, אך היא מספקת מבט כללי על כל אזורי הדמיון בשני הרצפים, ומאפשרת לזהות בקלות חזרות ברצפים, משימה שאינה קלה לביצוע בשיטות אחרות...
אתר סמינריון מהווה פלטפורמה למכירה ולקנייה של עבודות אקדמיות איכותיות בין סטודנטים. באתר תוכלו למצוא עבודות אקדמיות במגוון תחומים ובמגוון סוגים החל מתרגילים דרך סמינריונים ועד עבודות תזה. באתר תוכלו למכור את העבודות שלכם לסטודנטים אחרים ולהרוויח עליהן כסף.
